In der Barfüßerkirche gab es ursprünglich mehrere Altäre. Neben dem Hochaltar im Chor und dem Kreuz- oder Leutaltar vor dem Lettner sind in den Seitenschiffen und den Kapellen zahlreiche Altäre anzunehmen. Inwieweit sie mit Altarretabeln ausgestattet waren, ist heute nicht mehr nachweisbar.
Der jetzt vorhandene Hauptaltar ist erst nach 1594 aus der Bartholomäuskirche herbeigeschafft worden. Der Färberaltar und der heute im Angermuseum aufbewahrte "kleine" Barfüßeraltar gehören zur ursprünglichen Ausstattung der Kirche.