2006 wurde die Barfüßerkirche in das Förderprogramm für national wertvolle Kulturgüter des Bundesbeauftragten für Kultur und Medien aufgenommen.

Das Programm dient der Substanzerhaltung und der Restaurierung von Kulturdenkmalen. Umbau- und Modernisierungsmaßnahmen sind jedoch nicht zuwendungsfähig, d. h. für die Realisierung der Nutzungskonzeption ist der Eigentümer des Denkmals zuständig.

In mehreren Bauabschnitten erfolgt bis 2015 die umfassende Instandsetzung der Gebäudehülle.

• Mauerwerkssanierung im nördlichen Seitenschiff (Mittelschiffswand, Seitenschiffswand und Pfeiler)
• Mauerwerkssanierung Westgiebel
• Mauerwerksabdeckung und Regenwasserableitung an nördlicher Mittelschiffswand und Westgiebel
• Mauerwerkssanierung Fassade Hoher Chor und Kapelle der Familie von der Sachsen
• Mauerwerkssanierung Chorgiebel (ohne die nachträglich errichte Ausmauerung)
• statische Sicherung des Gewölbes im Hohen Chor
• Reparatur des Fußbodenbelages im Hohen Chor und in der Kapelle der Familie von der Sachsen
• Reparatur der Maßwerke und Verglasung der Fenster im Hohen Chor und in der Kapelle der Familie von der Sachsen
• Einbau von Fenstern und Türen in der Annenkapelle
• Reparatur der Pfeilerstümpfe der ehemaligen südlichen Mittschiffswand
• Einbau eines Plattenbelages und Oberflächenentwässerung im westlichen Teil des ehemaligen Langhauses