Die Glasmalereien
Die Glasmalereien der Barfüßerkirche sind Zeugnis der herausragenden Stellung, die das Erfurter Franziskanerkloster im 13. und 14. Jahrhundert als einer der Hauptorte der franziskanischen Bewegung in Deutschland innehatte. Die um 1250 entstandene frühe Darstellung eines Franziskuslebens nördlich der Alpen deutet auf eine innige Beziehung zum Mutterkloster in Assisi hin; der erste Guardian der Minderbrüder in Erfurt, Jordanus von Giano, war ein enger Vertrauter des heiligen Franziskus.
Die heute auf vier Fensterbahnen verteilten mittelalterlichen Glasmalereien haben eine wechselvolle Geschichte hinter sich. Der für die Verglasung des ersten Kirchenbaues bestimmte Kernbestand wurde in den 1316 geweihten Chorneubau überführt und den wesentlich höheren und nun dreibahnigen Fensteröffnungen angepaßt. Die mittleren Lanzetten der drei Ostfenster hat man für dieses Unterfangen breiter ausgeführt als die Seitenstreifen, während die Bahnen der übrigen Chorfenster in etwa die gleiche Breite aufweisen. Diese sind bis ins 15. Jahrhundert hinein mit weiteren Glasmalereien ausgestattet worden.
Im Laufe der Jahrhunderte sind offenbar zahlreiche Scheiben zerstört worden oder abhanden gekommen. In der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts sollten die noch vorhandenen Fenster sogar verkauft werden [siehe Artikel: Das Schicksal der Glasmalereien]. Nach dem Einsturz eines Teils der Barfüßerkirche 1838 hat man die Reste der Verglasung neu geordnet und in den drei östlichen Chorfenstern eingebaut.
Die Auslagerung der Scheiben während des Zweiten Weltkrieges und der Verlust der nicht ausgebauten Verglasung der Maßwerke bei der Bombardierung der Barfüßerkirche veranlaßten die Gemeinde, Denkmalpfleger und den Restaurator Heinz Hajna bei der Wiederanbringung der Fenster 1966 zu der noch heute präsenten Anordnung mit dem zentralen Christusfenster, dessen Seitenstreifen mit Ornamentfeldern aus verschiedenen Zusammenhängen versehen wurden, zu dessen Seiten das Jessefenster und das Franziskusfenster nur in den Mittelbahnen gestaltet sind. Vier später entstandene Scheiben schmücken ein Südfenster über dem Eingang zum Chorhals.
Die zum Teil ebenfalls farbige Verglasung des Langhauses ist bei dem Einsturz des Kirchenschiffes am 27. November 1944 vollständig zerstört worden. Im südlichen Seitenschiff befand sich ein Fensterzyklus des Glasmalers Franz Ries, Dessau, der 1899 bis 1902 ausgeführt wurde. Auf einem Teppichmuster waren Christi Gang nach Emmaus, die Taufe Christi und Christus in Gethsemane, die Apostel Petrus, Johannes und Paulus sowie Luther als Mönch im Augustinerkloster, ein Brustbild Luthers und die Reformatoren Luther und Staupitz dargestellt. Abbildungen dieser Fenster sind bislang nicht bekannt.