Die Figur des Ordensgründers Franziskus befand sich ursprünglich außen am Chor, wo er in Richtung Schlösserbrücke blickend angebracht war. Das hat zu der Vermutung Anlaß gegeben, daß sich die Statue bereits zur Chorweihe dort befunden hätte. Sie wird jedoch erst in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts entstanden sein. Blockhaft geschlossen, mit zur Brust erhobenen Händen steht Franziskus demütig vor uns, ähnlich einem der in Erfurt zahlreichen Schmerzensmänner. Der Erhaltungszustand der Figur, die jahrhundertelang Wind und Wetter ausgesetzt war, erlaubt es jedoch nicht zu entscheiden, ob die Geste der Hände ein Hinweis auf die Stigmatisierung des Heiligen (im Jahre 1224) ist.

Aus der Werkstatt des Severi-Sarkophags (um 1365/70) entstammt die Statue eines Schmerzensmannes mit Konsole, der ursprünglich sicher zum Bildprogramm eines Eingangsportals der Kirche gehörte. Noch im 19. Jahrhundert befand er sich in einer späteren Aufstellung an der dem Kirchhof zugewandten Fassade der Kapelle der Familie von der Sachsen. Nach der Rekonstruktion der Barfüßerkirche in der Mitte des 19. Jahrhunderts gelangte er in den Besitz des Städtischen Museums (heute Angermuseum). Heute ist er an der Nordwand des Hohen Chores aufgestellt.

Das Motiv des Schmerzensmannes als Andachtsbild des leidenden Christus  fand in der abendländischen Kunst seit dem 14. Jahrhundert weite Verbreitung. Eine der ältesten bekannten Darstellungen befindet sich an der Außenwand des Erfurter Petersklosters.

Um 1365/70 hinterließ die Werkstatt, die nach ihrem Hauptwerk, dem Severisarkophag in der Severikirche benannt ist, an vielen Erfurter Kirche ihre Spuren. Für die Barfüßerkirche wurde in dieser Werkstatt  ein Relief der Heiligen Elisabeth geschaffen. Die erhaltene Figur ist ein Fragment aus größerem Zusammenhang, wahrscheinlich einem Epitaph. Mit einem heute verlorenen Gegenstand  - vielleicht einem Mantel oder einem anderen Attribut wie Brot, Kanne o. ä. - wandte sich Elisabeth dem einst sicher zu ihr aufblickenden Bettler zu, der wegen seiner Kleinheit eher attributhaft wirkt.

Der Kruzifixus gelangte wohl mit der Rekonstruktion der Barfüßerkirche zwischen 1838 und 1852 in die städtische Altertumssammlung.

Der Körper des Gekreuzigten hänft mit annähernd waagerecht ausgebreiteten Armen am Kreuz. Ein Podest stützt die Füße.

Der Taufstein, der heute wieder im Hohen Chor vor dem Altar aufgestellt ist, befand sich bis ins 18. Jahrhundert im Langhaus, rechts vom Altar, später in der Chormitte. Das mit reichem Renaissance-Dekor verzierte steinerne Taufbecken ist 1597 in der Fridemann-Werkstatt entstanden, die damals auch den Orgelprospekt arbeitete.Der Fuß des Taufsteins ist nach dem Zweiten Weltkrieg rekonstruiert worden.

Die kupferne Taufschale mit Email-Einlage ist eine Arbeit des zeitgenössischen Erfurter Schmuckgestalters Helmut Senf.